根据您提供的案件情况，法院的判决主要会依据以下几个法律原则与事实证据进行综合判断：

一、关于夫妻共同财产的认定
根据《民法典》第1062条，婚姻存续期间所得的财产归夫妻共同所有。李某在婚姻期间与公司女员工马某发生关系，且有生子，表明双方存在一定的经济往来，尤其是李某在婚内向马某转账的行为应当被视为夫妻共同财产的处理行为。

二、关于转账款项的性质
李某辩称转账是正常工资、奖金或垫付款，此外还有父亲的赠与。但法院在审理中会考虑：

转账的金额及其用途的证据
是否有明确的劳动、奖金或垫付款的依据
转账行为是否符合正常的工资或其他合法支出的模式
是否存在证据证明父亲对马某的赠与，与李某本人没有关系
由于双方提供的证据无法清晰划分这些款项的用途，法院倾向认定这些款项具有财产转让的性质，可能属于夫妻共同财产。

三、关于赠与行为的效力
根据《民法典》第157条，未经配偶同意，进行大额财产赠与，可能被认定为侵害配偶权益。特别是在婚姻关系存续期间，未经一方同意，将共同财产赠与第三人，一般会被视为无效或部分无效的赠与行为。

四、关于法院的判决
法院会综合考虑以下因素：

李某在婚姻关系存续期间的行为是否侵害了配偶权益
转账的具体用途与证据
受赠方（马某）是否明确知道且收受财产的性质
双方是否存在过错等
在本案中，法院最终判决李某应返还25万元，表明：

部分转账金额被认定为夫妻共同财产，控辩双方的证据不足以确认全部款项的合法性质
部分款项被认定为财产赠与，但金额有限，导致判决低于诉讼请求
法院考虑了双方当事人的过错与证据状况，采取了酌情判决原则
五、总结
如果是一般情况下，法院会认定婚内转账款项多数属于夫妻共同财产，尤其在证据不明确时，原则上应返还予夫妻共同财产。另外，涉及赠与，未经配偶同意的赠与可能被认定为无效，受赠人应返还财物。

结论：
法院会依据《民法典》相关规定，结合案件具体证据，判定李某的转账款是否属于夫妻共同财产，以及赠与行为的合法性。在本案中，法院判决李某返还部分款项，反映出对买赠性质、资金用途等方面的综合考虑。

建议：
在婚姻家庭财产及婚外情案件中，双方应提供详细证据证明财产的来源和用途，避免类似纷争。同时，婚姻中应尊重法律规定，妥善处理婚内财产和感情问题。婚前财产界定 婚前财产认定