日本的防空主力有四大航空方面队。
北部航空方面队（北空），防区主要是北海道和东北地区北部。司令部在千岁空军基地。
防空力量：
第3高射群（千岁基地）：第9、10高射队（千岁），第11、24高射队（长沼）
第6高射群（三泽基地）：负责东北地区防空
第2、3航空团：装备F-15J和F-35A战斗机，负责北海道和鄂霍次克海方向防御
重点监控俄罗斯方向，与驻日美军协同防御北方航道。
中部航空方面队（中空），防区：关东、中部地区、首都圈。司令部在入间基地（埼玉县）。
防空力量：
第1高射群（入间基地）：负责首都圈防空，包括第1、2、3、4高射队
第2高射群：第5、6、7、8高射队，部署于关西地区
第6航空团（小松基地）：装备F-15J，部分已换装F-35A，强化日本海一侧防空
重点保护东京等政治经济中心，是日本防空体系的"心脏"。
西部航空方面队（西空），防区：本州西部、四国、九州。司令部在福冈县筑城基地。
防空力量：
第4高射群：第12、13、14、15高射队，负责九州地区防空。
第7航空团：装备F-15J，负责对马海峡方向防御。
重点监控朝鲜半岛和对马海峡，防范来自朝鲜的导弹威胁
西南航空方面队（南西空），防区：冲绳、西南诸岛及东海区域。司令部在冲绳那霸基地（2017年由"西南航空混成团"升格）。
防空力量：
第5高射群（那霸基地）：第16、17、18、19高射队，装备PAC-3和PAC-3 MSE
第9航空团：装备F-15J和F-2战斗机，负责东海和台湾方向防御
西南警戒管制团：负责区域空中监控，下辖宫古岛等前沿雷达站
重点监控中国东海方向，是日本防御体系的"前哨"，近年加强了与那国岛、石垣岛等西南岛屿的部署。
